Известен ещё один баг:
• Проблемы совместимости с программами . Ряд популярных программ (например файловый менеджер REAL COMMANDER) некорректно работали именно с версией 5.03. При смене дисковода каталог читался нормально, но при попытке запустить файл или обратиться к диску возникала ошибка.
• Причина. При инициализации диска TR-DOS 5.03 записывал в служебные ячейки памяти (#SCC8-#SCCB) значение #80. Многие программы полагались на это, но не учитывали, что в определенных режимах (например, для 80-дорожечных дисков) там должны быть другие значения (например, #83).